Добрый день. Да, вы должны были подать декларацию (п.1 ст.208 НК РФ) и уплатить налог в бюджет. Срок подачи декларации был до 30.04.2015, срок уплаты налога до 15.07.2015.
Расчет налога = (Сумма продажи квартиры А — сумма покупки квартиры А)*0,13.
(4100 000-2100000)*0,13 = 260 000 руб.
Но так как вы в этом же периоде приобрели недвижимость, то при условии, что ранее правом на вычет не пользовались, можете сделать взаимозачет на сумму 260 000 (если новая квартира стоит более 2 млн. руб).
В любом случае вам нужно заполнить и подать декларацию, даже если налог к уплате 0.
На сайте налоговой есть специальная программа для заполнения 3-НДФЛ. Декларацию подаете с пакетом подтверждающих документов в налоговую по месту регистрации.