Некачественный ремонт

В начале марта между нашим ЗАО и ООО заключен договор подряда по выполнению ремонтных работ кровли производственного помещения, принадлежащего нашей организации. По условиям указанного договора (п.1.1, 1.2) подрядчик обязался собственными силами на свой риск выполнить работу по текущему ремонту кровли СТО, а мы - оплатить выполненную работу. Раздел 3 договора предусматривает ранее получение стоимости работ и возможности ее увеличения на 10% от суммы предварительно согласованной стоимости. В качестве предварительной оплаты работ наше ЗАО платежными поручениями перечислило на расчетный счет фирмы подрядчика средства. Предусмотренную договором работу было выполнено, однако в установленном порядке фирма не провела передачу выполненных работ. В конце мая нами было обнаружено факт некачественного проведения работ, поскольку во время дождя кровля протекала, атмосферные осадки попадали в помещение цеха, нарушался технологический процесс, портили электрическую проводку и средства производства. От проведения фиксации факта некачественного проведения подрядных работ фирма исполнитель отказалась. По заключению специалиста выполненные подрядчиком работы по ремонту кровли оказались сплошным браком. Если фирма подрядчик уклоняется признать, что она провела некачественный ремонт кровли, единственным вариантом остается подать в суд или существуют еще какие-то пути решения спора?