Может ли работодатель изъять у меня загранпаспорт, если я имею допуск к государственной тайне?

Изъять паспорт может только ФМС, а не предприятие. Должностное лицо или гражданин, допущенные или ранее допускавшиеся к государственной тайне, могут быть временно ограничены в своих правах. Ограничения могут касаться: права выезда за границу на срок, оговоренный в трудовом договоре (контракте) при оформлении допуска гражданина к государственной тайне; права на распространение сведений, составляющих государственную тайну, и на использование открытий и изобретений, содержащих такие сведения; права на неприкосновенность частной жизни при проведении проверочных мероприятий в период оформления допуска к государственной тайне (ст.24 ФЗ «О государственной тайне»).

Право гражданина Российской Федерации на выезд из Российской Федерации может быть временно ограничено в случаях, если он: при допуске к сведениям особой важности или совершенно секретным сведениям, отнесенным к государственной тайне в соответствии с «законом» Российской Федерации о государственной тайне, заключил трудовой договор (контракт), предполагающий временное ограничение права на выезд из Российской Федерации, при условии, что срок ограничения не может превышать пять лет со дня последнего ознакомления лица со сведениями особой важности или совершенно секретными сведениями, — до истечения срока ограничения, установленного трудовым договором (контрактом) или в соответствии с настоящим Федеральным законом.В случае, если имеется заключение Межведомственной комиссии по защите государственной тайны о том, что сведения особой важности или совершенно секретные сведения, в которых гражданин был осведомлен на день подачи заявления о выезде из Российской Федерации, сохраняют соответствующую степень секретности, то указанный в трудовом договоре (контракте) срок ограничения права на выезд из Российской Федерации может быть продлен Межведомственной комиссией, образуемой в «порядке», установленном для создания межведомственных координационных и совещательных органов, образуемых федеральными органами исполнительной власти. При этом срок ограничения права на выезд не должен превышать в общей сложности десять лет, включая срок ограничения, установленный трудовым договором (контрактом), со дня последнего ознакомления лица со сведениями особой важности или совершенно секретными сведениями (ст.15 ФЗ «О ПОРЯДКЕ ВЫЕЗДА ИЗ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ВЪЕЗДА В РОССИЙСКУЮ ФЕДЕРАЦИЮ»).

В случае, если выезд из Российской Федерации гражданина Российской Федерации ограничен по основаниям, предусмотренным «подпунктами 1» и «2» статьи 15 настоящего Федерального закона (это ваш случай) его паспорт подлежит передаче на хранение до истечения срока временного ограничения в государственный орган, осуществивший выдачу паспорта. Изъятие паспорта гражданина Российской Федерации по основаниям, предусмотренным настоящим Федеральным законом, осуществляется судом, следственными органами Следственного комитета Российской Федерации, органами внутренних дел, федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным на осуществление функций по контролю и надзору в сфере миграции, и его территориальными органами, пограничными органами федеральной службы безопасности и таможенными органами, дипломатическими представительствами и консульскими учреждениями Российской Федерации (ст.18 ФЗ «О ПОРЯДКЕ ВЫЕЗДА ИЗ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ ВЪЕЗДА В РОССИЙСКУЮ ФЕДЕРАЦИЮ»).