Каким образом мне должны произвести выплату по воинскому званию?

Вам должны юыли выплачивать в течение года оклад по воинскому званию

Такая выплата предусмотрена ч.4 ст. 23 Федерального закона "О статусе военнослужащих"

"Военнослужащим - гражданам, проходившим военную службу по контракту, имеющим общую продолжительность военной службы менее 20 лет и уволенным с военной службы по достижении ими предельного возраста пребывания на военной службе, состоянию здоровья или в связи с организационно-штатными мероприятиями без права на пенсию, в течение одного года после увольнения сохраняется выплата оклада по воинскому званию. Порядок выплаты оклада по воинскому званию определяется Правительством Российской Федерации."

Такой порядок предусмотрен Постановлением Правительства РФ № 941 от 1993 года.

ОБратите внимание на слово "сохраняется", то есть буквально - продолжает выплачиваться

Поскольку ВЫ обратились за выплатой позже, то Вам выплата сохранялась так как она была предусмотрена военнослужащим, проходящим военную службу.

Если бы вы встали на учет своевременно, а деньги вам бы выплатили с опозданием лишь в 2012 году, тогда можно было бы через суд требовать индексацию на момент фактической выплаты. В вашем случае выплаты произведены правомерно.

Согласно Постановления Правительства РФ от 22.09.1993 N 941 (в ред. от 31.01.2012) военнослужащим - гражданам, проходившим военную службу по контракту и уволенным с военной службы в связи с организационно-штатными мероприятиями в течение 1 года после увольнения сохраняется выплата оклада по воинскому (специальному) званию.

Оклад по воинскому (специальному) званию подлежит назначению и выплате в течение 1 года после увольнения с военной службы (службы) исходя из размера оклада на день увольнения с военной службы (службы), в том числе и при несвоевременном обращении за его назначением.

При этом, если в течение указанного срока повышаются (индексируются) оклады по воинским (специальным) званиям военнослужащих соответственно увеличиваются размеры оклада.

Если вы считаете что вам неправильно рассчитали выплаты вы вправе обратиться в бухгалтерию военкомата за разъяснениями со ссылкой на правовые акты, а также обратиться за разъяснениями в военную прокуратуру по месту вашего пребывания.