Добрый день!
Согласно ст. 108 ТК РФ в течение рабочего дня (смены) работнику должен быть предоставлен перерыв для отдыха и питания продолжительностью не более двух часов и не менее 30 минут, который в рабочее время не включается.
..........
На работах, где по условиям производства (работы) предоставление перерыва для отдыха и питания невозможно, работодатель обязан обеспечить работнику возможность отдыха и приема пищи в рабочее время. Перечень таких работ, а также места для отдыха и приема пищи устанавливаются правилами внутреннего трудового распорядка.
Таким образом, скорее всего руководство Ваше считает, что у Вас все же есть перерыв на обед и, несмотря на то, что Вы не покидаете территорию работодателя, трудовую функцию в этот период времени Вы не исполняете, поэтому и не засчитывают его в рабочее время.
Если же Вы выполняете трудовую функцию непрерывно (т.к. у Вас непрерывное производство, как Вы указали в вопросе), смело можете обратиться к работодателю с соответствующим вопросом, если это не поможет, обращайтесь в инспекцию труда.