Кончаются 45 дней ремонта телефона, вернут ли мне деньги?

При указанных Вами обстоятельствах, в соответствии со ст. 18 ФЗ «О ЗАЩИТЕ ПРАВ ПОТРЕБИТЕЛЕЙ» Вы имели права потребовать возврата денежных средств, уплаченных за некачественный товар или замены товара на такой же, или иной с перерасчетом.

Видимо Вы не настаивали должным образом на своих правах.

Сейчас же, продавец проводит проверку качества телефона и Ваши требования о возврате денег, замене телефона подлежат удовлетворению, только если продавцом будет установлено:

обнаружение существенного недостатка товара;

нарушение установленных настоящим Законом сроков устранения недостатков товара;
невозможность использования товара в течение каждого года гарантийного срока в совокупности более чем тридцать дней вследствие неоднократного устранения его различных недостатков.

В любом случае, Вам необходимо составить претензию и направить ее продавцу, а по итогам ее рассмотрения думать о принятии дальнейших шагов.