Добрый вечер! Нет, нулевые показатели по ЕНВД не предусмотрены законодательством. Вы должны заплатить ЕНВД в полном объеме, тем более, что фактически осуществляли деятельность. Форма владения автотранспортом не имеет значение.
Письмо МинФина 15.04.2014 № 03-11-09/17087:
…
Таким образом, факт временного приостановления хозяйствующим субъектом — налогоплательщиком единого налога предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом, не освобождает его от выполнения возложенных на него обязанностей по уплате данного налога.
Отсутствие в налоговом периоде физических показателей, используемых для исчисления единого налога, означает прекращение предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом, и возникновение обязанности снятия с учета в качестве налогоплательщика в установленном п. 3 ст. 346.28 Кодекса порядке.
До снятия с учета в качестве налогоплательщика сумма единого налога исчисляется по соответствующему виду предпринимательской деятельности исходя из имеющихся физических показателей и базовой доходности в месяц.
В связи с изложенным Письмо ФНС России от 27.08.2009 № ШС-22-3/669@ подлежит отмене.
Вам нужно сначала уплатить налог в бюджет, и только после этого сдать уточненную декларацию, во избежание штрафных санкций.