Правомерен ли отказ от исполнения договора ДДУ и каковы перспективы?

Да, верно: первоначальный договор зарегистрирован.

Каким образом тогда «старая квартира» занята? Ведь ДДУ зарегистрирован и не расторгнут.

Согласно ст. 452 ГК

Соглашение об изменении или о расторжении договора совершается в той же форме, что и договор, если из закона, иных правовых актов, договора или обычаев не вытекает иное.
2. Требование об изменении или о расторжении договора может быть заявлено стороной в суд только после получения отказа другой стороны на предложение изменить или расторгнуть договор либо неполучения ответа в срок, указанный в предложении или установленный законом либо договором, а при его отсутствии — в тридцатидневный срок.

Таким образом допсоглашение меняющее или отменяющее условия ранее заключенного договора вступает в силу с момента его регистрации в Росреестре

Непосредственно в ст. 9 ФЗ О ДДУ основанием для расторжения договора указано нарушение качества квартиры, в данном случае если этого нет, то необходимо опираться на ст. 450 ГК

2. По требованию одной из сторон договор может быть изменен или расторгнут по решению суда только:
1) при существенном нарушении договора другой стороной;

При площади квартиры в 36 кв. м увеличение на 7 м. да еще и новая комната это существенное нарушение условий договора застройщиком