Как разделить квартиру с братом и забрать его 3 кв метра?

Ответ очевиден — купить, принять в дар.

Здравствуйте, Елена!

Если Ваш брат возражает против добровольного урегулирования спора, Вы вправе в судебном порядке выкупить его долю в праве собственности, даже при отсутствии его согласия. Это допускается законом при малом размере доли и отсутствием интереса в ее использовании (у брата есть право собственности в другом жилом помещении).

ч.4 ст.252 Гражданского кодекса РФ
Выплата участнику долевой собственности остальными собственниками компенсации вместо выдела его доли в натуре допускается с его согласия. В случаях, когда доля собственника незначительна, не может быть реально выделена и он не имеет существенного интереса в использовании общего имущества, суд может и при отсутствии согласия этого собственника обязать остальных участников долевой собственности выплатить ему компенсацию.