Можно ли взыскать неустойку с подрядчика, предусмотренную договором?

В случае нарушения предусмотренного договором срока передачи участнику долевого строительства объекта долевого строительства застройщик уплачивает участнику долевого строительства неустойку (пени) в размере одной трехсотой ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации, действующей на день исполнения обязательства, от цены договора за каждый день просрочки. Если участником долевого строительства является гражданин, предусмотренная настоящей частью неустойка (пени) уплачивается застройщиком в двойном размере.

Иные условия будут будут признаны как нарушающие закон и права потребителя. Такие условия, как Вами сказано, считаю существуют.

В случае, если строительство (создание) многоквартирного дома и (или) иного объекта недвижимости не может быть завершено в предусмотренный договором срок, застройщик не позднее чем за два месяца до истечения указанного срока обязан направить участнику долевого строительства соответствующую информацию и предложение об изменении договора.

Изменение предусмотренного договором срока передачи застройщиком объекта долевого строительства участнику долевого строительства осуществляется в порядке, установленном Гражданским кодексом Российской Федерации.

То есть путем дополнительного соглашения. Скорее всего застройщик, указывая в акте об отсутствии претензий по срокам, считает, что это соглашение. Но надо в любом случае непосредственно ознакомиться с данными документами. Обратитесь к юристу.