Как правильно нам посчитать доход по УСН?

Здравствуйте! Если Вы работаете по агентскому договору, то да, доходом является только сумма вознаграждения — 2000 р.

Так как в соответствии с п.п. 9 п. 1 ст. 251 НК РФ )… При определении налоговой базы не учитываются следующие доходы:
9) в виде имущества (включая денежные средства), поступившего комиссионеру, агенту и (или) иному поверенному в связи с исполнением обязательств по договору комиссии, агентскому договору или другому аналогичному договору, а также в счет возмещения затрат, произведенных комиссионером, агентом и (или) иным поверенным за комитента, принципала и (или) иного доверителя, если такие затраты не подлежат включению в состав расходов комиссионера, агента и (или) иного поверенного в соответствии с условиями заключенных договоров. К указанным доходам не относится комиссионное, агентское или иное аналогичное вознаграждение;