Как заключить договор передачи прав интеллектуальной собственности с разработчиком?

Доброй ночи.

Думаю в приведенном Вами случае целесообразно заключить договор авторского заказа. По договору авторского заказа одна сторона (автор) обязуется по заказу другой стороны (заказчика) создать обусловленное договором произведение науки, литературы или искусства на материальном носителе или в иной форме. При этом

материальный носитель произведения передается заказчику в собственность, если соглашением сторон не предусмотрена его передача заказчику во временное пользование. Также в договоре авторского заказа может быть предусмотрено отчуждение заказчику исключительного права на произведение, которое должно быть создано автором, или предоставление заказчику права использования этого произведения в установленных договором пределах. Таким образом, Вы сможете предусмотреть в договоре все интересующие Вас условия.

Сергей, 

1) необходим договор отчуждения исключительного права. если Вы хотите регулировать и процесс создания программы, то договор авторского заказа с элементами договора отчуждения. хотя при заказе создания программы, исключительное право считается и так переходящим к заказчику, но я бы рекомендовал «перестраховаться»;

2) регистрация не требуется, если не будете регистрировать программу (и это делать необязательно и, как правило, не нужно);

3) на неопределенный срок можно заключить договор авторского заказа, то есть договор, по которому Вам создается сайт, однако это несколько странно (создание сайта без согласования сроков). 

если же речь о поддержке и постоянном обновлении/улучшении кода сайта, то да, такие условия могут быть и вполне разумны;

4) да, Вы можете условия передачи прав включить в любой договор, оформление этого отдельным документом необязательно.