Здравствуйте!
Согласно Постановления Правительства РФ от 06.05.2011 N 354 (ред. от 29.06.2016) «О предоставлении коммунальных услуг собственникам и пользователям помещений в многоквартирных домах и жилых домов»:
…
91. Перерасчет размера платы за коммунальные услуги осуществляется исполнителем в течение 5 рабочих дней после получения письменного заявления потребителя о перерасчете размера платы за коммунальные услуги (далее — заявление о перерасчете), поданного до начала периода временного отсутствия потребителя или не позднее 30 дней после окончания периода временного отсутствия потребителя.
.......................................
Как видите, перерасчет производится за весь период временного отсутствия, срок обращения, установленный п. 91 правил № 354 (выделенный подчеркнутый текст) Вы не пропустили. Поэтому водоканал не прав, отказывая Вам в перерасчете.