Куда писать жалобу или заявление, если никакой проверки по существу не проведено?

Добрый день. Квалификацию преступления в любом случае будут определять сотрудники правоохранительных органов. Это не означает, что если Вы подали заявление о совершении преступления, предусмотренного ст. 158 УК РФ, то признаки именно этого преступления усматриваются в действиях лиц, в отношении которых Вы подали заявление.
Отмена постановления об отказе в возбуждении уголовного дела до рассмотрения по существу жалобы в порядке ст. 125 УПК РФ, поданной на это постановление — вполне распространенная практика. По сути результата Вы добились — постановление об отказе в возбуждении уголовного дела отменили, материал направили на проведение дополнительной проверки.
Подачи Вами жалоб в СК РФ и УСБ никоим образом не изменят ситуацию, так как они не обладают функцией надзора и не могут вмешиваться в деятельность по проведению доследственных проверок в порядке ст.ст. 144-145 УПК РФ.
Если Вы полагаете, что в действиях должностных лиц, осуществляющих проверку по вашему заявлению, содержаться признаки какого-либо состава преступления, то Вы можете обратиться с соответствующим заявлением в порядке, установленном ст. 141 УПК РФ в органы следственного комитета РФ. По данному заявлению будет проведена отдельная проверка в порядке, установленном ст.ст. 144-145 УПК РФ. Однако, это не как не отразиться на Вашем первоначальном заявлении по факту хищения денежных средств.
Единственным действенным способом у Вас остается продолжать обжаловать незаконные решения, действия и бездействия путем подачи жалоб в порядке ст. 124 УПК РФ и (или) в порядке ст. 125 УПК РФ. Основная Ваша цель — возбуждения уголовного дела по Вашему заявлению.