Возврат подоходного налога по месту работы

В марте 2016г. в налоговой инспекции получила уведомление для возврата подоходного налога (ежемесячного) по месту работы (возврат налога с покупки квартиры). Вместе с заявлением, подписанным директором передала в бухгалтерию. Но только в сентябре обнаружила из расчетного листка, что 13% продолжают удерживать с заработной платы. Каковы мои дальнейшие действия? Возможен ли перерасчет у работодателя? Или же теперь, в начале следующего года возврат за 2016 год производить через налоговую инспекцию?