Как вывести недвижимость и закрыть ООО?

Здравствуйте!

В вашем случае теоретически существует возможность безналогового вывода имущества.
1. Необходимо принять в установленном порядке решение об увеличении уставного капитала ООО и об оплате взносов учредителя путем зачета его требования по договорам займа к ООО. Получаем долю в уставном капитале равную рыночной стоимости имущества (если это условие не будет выполняться схема не применима).
2.Принимаем решение о ликвидации ООО (если нет особых долгов). В этом случае, согласно п.п.5 п.3 ст.39 НК РФ:

3. Не признается реализацией товаров, работ или услуг:

передача имущества в пределах первоначального взноса участнику хозяйственного общества или товарищества (его правопреемнику или наследнику) при выходе (выбытии) из хозяйственного общества или товарищества, а также при распределении имущества ликвидируемого хозяйственного общества или товарищества между его участниками;

Таким образом, у ООО налогообложения не возникает (если стоимость имущества равна или менее уставного капитала, это очень важно).
3.Что касается налогообложения физического лица в этом случае, есть такое письмо:

Вопрос: О налогообложении НДФЛ доходов физлиц в виде земельных участков, полученных при ликвидации ООО.
Ответ:
МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ
ФЕДЕРАЛЬНАЯ НАЛОГОВАЯ СЛУЖБА
ПИСЬМО
от 27 января 2010 г. N 3-5-04/70@
Федеральная налоговая служба рассмотрела обращение о порядке налогообложения доходов физического лица при ликвидации общества с ограниченной ответственностью (далее — ООО) и сообщает следующее.
Порядок определения налоговой базы в отношении доходов, полученных физическими лицами — учредителями, участниками или акционерами ликвидируемых организаций, положениями гл. 23 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — Кодекс) прямо не установлен.
В то же время положениями ст. 41 части первой Кодекса предусмотрено, что доходом признается экономическая выгода в денежной или натуральной форме, учитываемая в случае возможности ее оценки и в той мере, в которой такую выгоду можно оценить.
В соответствии с п. 1 ст. 8 Федерального закона от 08.02.1998 N 14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью» участники общества вправе получить в случае ликвидации общества часть имущества, оставшегося после расчетов с кредиторами, или его стоимость.
Доход, полученный налогоплательщиком от ликвидируемого ООО в виде земельных участков, является доходом налогоплательщика, подлежащим налогообложению налогом на доходы физических лиц.
Сумма подлежащего налогообложению дохода определяется исходя из рыночной стоимости упомянутых участков за минусом расходов на приобретение долей в уставном капитале ООО.
При этом ликвидируемое ООО исполняет обязанности налогового агента, предусмотренные положениями п. 1 ст. 226 Кодекса.
В соответствии с п. 5 ст. 226 Кодекса при невозможности удержать у налогоплательщика исчисленную сумму налога налоговый агент в течение одного месяца с момента возникновения этого обстоятельства в письменной форме уведомляет об этом факте налоговый орган по месту своего учета.
Уплата налога производится на основании налогового уведомления в порядке, предусмотренном п. 5 ст. 228 Кодекса. Привлечение физических лиц к декларированию доходов в таком случае не производится.
Действительный
государственный советник
Российской Федерации
3 класса
Н.Е.МЕЛЬНИКОВ
27.01.2010

Это, лишь одна из точек зрения (вам выгодная), есть и другая, согласно которой получение имущества облагается НДФЛ, без уменьшения на долю взноса.

Таким образом, если рыночная стоимость получаемого при ликвидации имущества, равна или менее стоимости доли в уставном капитале, налогов у вас не возникнет.

Но, надо быть готовым, что придется отстаивать это в судебном порядке.
Для подстраховки, я бы написал письмо в налоговую, с разъяснением ситуации, они обязаны дать разъяснение.