Является ли магистратура на базе специалитета - вторым высшим образованием?

Здравствуйте. Смотрите следующее:

Трудовой кодекс РФ

Статья 177. Порядок предоставления гарантий и компенсаций работникам, совмещающим работу с обучением
Гарантии и компенсации работникам, совмещающим работу с обучением, предоставляются при получении образования соответствующего уровня впервые.Указанные гарантии и компенсации также могут предоставляться работникам, уже имеющим профессиональное образование соответствующего уровня и направленным на обучение работодателем в соответствии с трудовым договором или соглашением об обучении, заключенным между работником и работодателем в письменной форме.

Теперь обратимся к ФЗ «Об образовании в РФ»

Статья 10. Структура системы образования
5. В Российской Федерации устанавливаются следующие уровни профессионального образования:
1) среднее профессиональное образование;
2) высшее образование — бакалавриат;
3)высшее образование — специалитет, магистратура;
4) высшее образование — подготовка кадров высшей квалификации.

Таким образом специалитет и магистратура — это один уровень образования, соответственно отказ работодателя в данной ситуации правомерен.

С Уважением, Дмитрий Бакланов! Надеюсь, что мой ответ был Вам полезен.