Может ли дело дойти до суда, если я задолженности по заработной плате взяла из кассы?

Здравствуйте. Кражи тут не будет. Ваша ответственность

КоАП РФ, Статья 19.1. Самоуправство

Самоуправство, то есть самовольное, вопреки установленному федеральным законом или иным нормативным правовым актом порядку осуществление своего действительного или предполагаемого права, не причинившее существенного вреда гражданам или юридическим лицам, за исключением случаев, предусмотренных статьей 14.9.1 настоящего Кодекса, -влечет предупреждение или наложение административного штрафа на граждан в размере от ста до трехсот рублей; на должностных лиц — от трехсот до пятисот рублей.

Могут попытаться усмотреть

УК РФ, Статья 330. Самоуправство

1. Самоуправство, то есть самовольное, вопреки установленному законом или иным нормативным правовым актом порядку совершение каких-либо действий, правомерность которых оспаривается организацией или гражданином, если такими действиями причинен существенный вред, — наказывается штрафом в размере до восьмидесяти тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до шести месяцев, либо обязательными работами на срок до четырехсот восьмидесяти часов, либо исправительными работами на срок до двух лет, либо арестом на срок до шести месяцев.

Вам нужно настаивать, что не было причинено существенного вреда. Это категория оценочная, четких критериев нет — но в Вашем случае думаю существенный вред усмотреть нельзя.

Олег, по краже в такой ситуации осуждают. Особенно, если факт не выплаты зарплаты не подтверждается.