Должны ли платить стипендию от института, в период каникул?

Здравствуйте, Дмитрий!

Да, должны платить.

Постатейный комментарий к Федеральному закону «Об образовании в Российской Федерации» / под ред. А.Н. Козырина // СПС КонсультантПлюс. 2015.

Так, согласно ч. 17 ст. 59 Федерального закона «Об образовании в Российской Федерации» обучающимся по основным профессиональным образовательным программам после прохождения итоговой аттестации предоставляются по их заявлению каникулы в пределах срока освоения соответствующей основной образовательной программы, по окончании которых производится отчисление обучающихся в связи с получением образования. Данные каникулы относятся к периоду обучения, поэтому обучающиеся в данное время обладают всеми правами, предусмотренными законодательством об образовании, включая право на получение мер социальной поддержки, предусмотренных ч. 2 ст. 34 Федерального закона «Об образовании в Российской Федерации».
В соответствии с п. 13 Порядка назначения государственной академической стипендии и (или) государственной социальной стипендии студентам, обучающимся по очной форме обучения за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета, государственной стипендии аспирантам, ординаторам, ассистентам-стажерам, обучающимся по очной форме обучения за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета, выплаты стипендий слушателям подготовительных отделений федеральных государственных образовательных организаций высшего образования, обучающимся за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета, выплата государственной академической стипендии и государственной социальной стипендии студентам прекращается с момента отчисления обучающегося из образовательной организации.
Таким образом, до момента отчисления, в том числе в период предоставления каникул после прохождения итоговой аттестации, студентам выплачивается и государственная академическая, и государственная социальная стипендии