Имеет ли тренер право не отдавать удостоверение КМС из-за разногласий?

Выдается удостоверение не тренером, а органом исполнительной власти. И выдается не тренеру, а Вам, так что он не прав

Федеральный закон от 04.12.2007 N 329-ФЗ (ред. от 22.11.2016) «О физической культуре и спорте в Российской Федерации» (с изм. и доп., вступ. в силу с 01.01.2017)
Статья 22. Спортивные звания, спортивные разряды. Почетные спортивные звания. Квалификационные категории спортивных судей. Единая всероссийская спортивная классификация
1. В Российской Федерации устанавливаются следующие спортивные звания:
1) мастер спорта России международного класса;
2) мастер спорта России;
3) гроссмейстер России.
2. В Российской Федерации устанавливаются следующие спортивные разряды:
1) кандидат в мастера спорта;
2) первый спортивный разряд;
3) второй спортивный разряд;
4) третий спортивный разряд;
5) первый юношеский спортивный разряд;
6) второй юношеский спортивный разряд;
7) третий юношеский спортивный разряд.
3. В Российской Федерации устанавливаются следующие квалификационные категории спортивных судей:
1) спортивный судья всероссийской категории;
2) спортивный судья первой категории;
3) спортивный судья второй категории;
4) спортивный судья третьей категории;
5) юный спортивный судья.
4. Единая всероссийская спортивная классификация устанавливает нормы и требования, выполнение которых необходимо для присвоения соответствующих спортивных званий и спортивных разрядов по видам спорта, включенным во Всероссийский реестр видов спорта, а также условия выполнения этих норм и требований. Положением о Единой всероссийской спортивной классификации определяется содержание указанных норм, требований и условий, а также устанавливается порядок присвоения, лишения, восстановления спортивных званий и спортивных разрядов по различным видам спорта.
(в ред. Федерального закона от 22.11.2016 N 396-ФЗ)
4.1. При присвоении спортивных званий «мастер спорта России международного класса» и «мастер спорта России» выдаются соответственно удостоверение «мастер спорта России международного класса» и удостоверение «мастер спорта России», а также соответствующие нагрудные знаки, рисунки и описания которых утверждаются федеральным органом исполнительной власти в области физической культуры и спорта.
5. Порядок присвоения, лишения, восстановления квалификационных категорий спортивных судей и содержание квалификационных требований к кандидатам на присвоение данных категорий, а также права и обязанности спортивных судей устанавливаются Положением о спортивных судьях. Квалификационные требования к кандидатам на присвоение квалификационных категорий спортивных судей утверждаются федеральным органом исполнительной власти в области физической культуры и спорта по представлениям общероссийских спортивных федераций.
(в ред. Федерального закона от 22.11.2016 N 396-ФЗ)
5.1. При присвоении квалификационной категории спортивного судьи «спортивный судья всероссийской категории» выдаются удостоверение «спортивный судья всероссийской категории» и соответствующий нагрудный знак, рисунок и описание которого утверждаются федеральным органом исполнительной власти в области физической культуры и спорта.
6. Спортивные звания и квалификационная категория спортивного судьи «спортивный судья всероссийской категории» присваиваются федеральным органом исполнительной власти в области физической культуры и спорта в порядке, установленном соответственно Положением о Единой всероссийской спортивной классификации и Положением о спортивных судьях.
7. Спортивные разряды «кандидат в мастера спорта», «первый спортивный разряд» и квалификационная категория спортивного судьи «спортивный судья первой категории» присваиваются органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации в области физической культуры и спорта в порядке, установленном соответственно Положением о Единой всероссийской спортивной классификации и Положением о спортивных судьях. Спортивные разряды «второй спортивный разряд», «третий спортивный разряд», квалификационные категории спортивных судей «спортивный судья второй категории», «спортивный судья третьей категории» присваиваются органами местного самоуправления муниципальных районов и городских округов в порядке, установленном соответственно Положением о Единой всероссийской спортивной классификации и Положением о спортивных судьях. Спортивные разряды «первый юношеский спортивный разряд», «второй юношеский спортивный разряд», «третий юношеский спортивный разряд», квалификационная категория спортивных судей «юный спортивный судья» присваиваются физкультурно-спортивными организациями, организациями, осуществляющими спортивную подготовку, образовательными организациями, осуществляющими деятельность в области физической культуры и спорта, в порядке, установленном соответственно Положением о Единой всероссийской спортивной классификации и Положением о спортивных судьях.