Где налоговому агенту нужно оплачивать НДС?

Поскольку Вы являетесь индивидуальным предпринимателем, то налоговый учет осуществляется по месту Вашей регистрации.

Соответственно все расчеты с налоговыми органами Вы так же обязаны осуществлять по месту своей регистрации.

Декларацию можно подать только в электронном виде через оператора ТКС.

В платежном поручении указывается период за который производится уплата

Статья 174. Порядок и сроки уплаты налога в бюджет
[Налоговый кодекс РФ] [Глава 21] [Статья 174]
3. Налоговые агенты (организации и индивидуальные предприниматели) производят уплату суммы налога по месту своего нахождения.
…

5. Налогоплательщики (в том числе являющиеся налоговыми агентами), а также лица, указанные в пункте 5 статьи 173 настоящего Кодекса, обязаны представить в налоговые органы по месту своего учета соответствующую налоговую декларацию по установленному формату в электронной форме по телекоммуникационным каналам связи через оператора электронного документооборота в срок не позднее 25-го числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом, если иное не предусмотрено настоящей главой.
Налоговые агенты, не являющиеся налогоплательщиками или являющиеся налогоплательщиками, освобожденными от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога, обязаны представить в налоговые органы по месту своего учета соответствующую налоговую декларацию в срок не позднее 25-го числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом.
Указанные в абзаце втором настоящего пункта лица в случае выставления и (или) получения ими счетов-фактур при осуществлении предпринимательской деятельности в интересах другого лица на основе договоров комиссии, агентских договоров, предусматривающих реализацию и (или) приобретение товаров (работ, услуг), имущественных прав от имени комиссионера (агента), или на основе договоров транспортной экспедиции (если при определении налоговой базы в порядке, установленном главами 23, 25, 26.1 и 26.2 настоящего Кодекса, в составе доходов учитываются доходы в виде вознаграждения при исполнении договоров транспортной экспедиции), а также при выполнении функций застройщика обязаны представить в налоговые органы по месту своего учета не позднее 25-го числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом, соответствующую налоговую декларацию по установленному формату в электронной форме по телекоммуникационным каналам связи через оператора электронного документооборота.
При представлении налоговой декларации на бумажном носителе в случае, если настоящим пунктом предусмотрена обязанность представления налоговой декларации (расчета) в электронной форме, такая декларация не считается представленной.

Статья 161. Особенности определения налоговой базы налоговыми агентами
[Налоговый кодекс РФ] [Глава 21] [Статья 161]
1. При реализации товаров (работ, услуг), местом реализации которых является территория Российской Федерации, налогоплательщиками — иностранными лицами, не состоящими на учете в налоговых органах в качестве налогоплательщиков, налоговая база определяется как сумма дохода от реализации этих товаров (работ, услуг) с учетом налога.
Налоговая база определяется отдельно при совершении каждой операции по реализации товаров (работ, услуг) на территории Российской Федерации с учетом настоящей главы.
2. Налоговая база, указанная в пункте 1 настоящей статьи, определяется налоговыми агентами. При этом налоговыми агентами признаются организации и индивидуальные предприниматели, состоящие на учете в налоговых органах, приобретающие на территории Российской Федерации товары (работы, услуги) у указанных в пункте 1 настоящей статьи иностранных лиц, если иное не предусмотрено пунктами 3 и 9 статьи 174.2 настоящего Кодекса. Налоговые агенты обязаны исчислить, удержать у налогоплательщика и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога вне зависимости от того, исполняют ли они обязанности налогоплательщика, связанные с исчислением и уплатой налога, и иные обязанности, установленные настоящей главой.
3. При предоставлении на территории Российской Федерации органами государственной власти и управления, органами местного самоуправления в аренду федерального имущества, имущества субъектов Российской Федерации и муниципального имущества налоговая база определяется как сумма арендной платы с учетом налога. При этом налоговая база определяется налоговым агентом отдельно по каждому арендованному объекту имущества. В этом случае налоговыми агентами признаются арендаторы указанного имущества. Указанные лица обязаны исчислить, удержать из доходов, уплачиваемых арендодателю, и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога.
При реализации (передаче) на территории Российской Федерации государственного имущества, не закрепленного за государственными предприятиями и учреждениями, составляющего государственную казну Российской Федерации, казну республики в составе Российской Федерации, казну края, области, города федерального значения, автономной области, автономного округа, а также муниципального имущества, не закрепленного за муниципальными предприятиями и учреждениями, составляющего муниципальную казну соответствующего городского, сельского поселения или другого муниципального образования, налоговая база определяется как сумма дохода от реализации (передачи) этого имущества с учетом налога. При этом налоговая база определяется отдельно при совершении каждой операции по реализации (передаче) указанного имущества. В этом случае налоговыми агентами признаются покупатели (получатели) указанного имущества, за исключением физических лиц, не являющихся индивидуальными предпринимателями. Указанные лица обязаны исчислить расчетным методом, удержать из выплачиваемых доходов и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога.
4. При реализации на территории Российской Федерации конфискованного имущества, имущества, реализуемого по решению суда (за исключением реализации, предусмотренной подпунктом 15 пункта 2 статьи 146 настоящего Кодекса), бесхозяйных ценностей, кладов и скупленных ценностей, а также ценностей, перешедших по праву наследования государству, налоговая база определяется исходя из цены реализуемого имущества (ценностей), определяемой с учетом положений статьи 105.3 настоящего Кодекса, с учетом акцизов (для подакцизных товаров). В этом случае налоговыми агентами признаются органы, организации или индивидуальные предприниматели, уполномоченные осуществлять реализацию указанного имущества.
4.1. Утратил силу.
5. При реализации товаров, передаче имущественных прав, выполнении работ, оказании услуг на территории Российской Федерации иностранными лицами, не состоящими на учете в налоговых органах в качестве налогоплательщиков, налоговыми агентами признаются состоящие на учете в налоговых органах в качестве налогоплательщиков организации и индивидуальные предприниматели, осуществляющие предпринимательскую деятельность с участием в расчетах на основе договоров поручения, договоров комиссии или агентских договоров с указанными иностранными лицами, если иное не предусмотрено пунктом 10 статьи 174.2 настоящего Кодекса. В этом случае налоговая база определяется налоговым агентом как стоимость таких товаров (работ, услуг), имущественных прав с учетом акцизов (для подакцизных товаров) и без включения в них суммы налога.
6. В случае, если в течение сорока пяти календарных дней с момента перехода права собственности на судно от налогоплательщика к заказчику регистрация судна в Российском международном реестре судов не осуществлена, налоговая база определяется налоговым агентом как стоимость, по которой это судно было реализовано заказчику, с учетом налога.
При этом налоговым агентом является лицо, в собственности которого находится судно по истечении сорока пяти календарных дней с момента такого перехода права собственности.
Налоговый агент обязан исчислить по налоговой ставке, предусмотренной пунктом 3 статьи 164 настоящего Кодекса, соответствующую сумму налога и перечислить ее в бюджет.