Что делать, удалили личное дело и хотят выдать справку вместо военного билета?

Здравствуйте, Андрей.

Возможно надо было обжаловать действия должностных лиц, если Вы просились на воинский учет и на призыв.

В общем порядке при отсутствии оснований для освобождения от исполнения воинской обязанности Вам выдадут справку.

Федеральный закон от 28.03.1998 N 53-ФЗ
(ред. от 28.12.2016)
«О воинской обязанности и военной службе»
Статья 22. Граждане, подлежащие призыву на военную службу
1. Призыву на военную службу подлежат:
а) граждане мужского пола в возрасте от 18 до 27 лет, состоящие на воинском учете или не состоящие, но обязанные состоять на воинском учете и не пребывающие в запасе (далее — граждане, не пребывающие в запасе);
2. На военную службу не призываются граждане, которые в соответствии с настоящим Федеральным законом освобождены от исполнения воинской обязанности, призыва на военную службу, граждане, которым предоставлена отсрочка от призыва на военную службу, а также граждане, не подлежащие призыву на военную службу.
Статья 23. Освобождение от призыва на военную службу. Граждане, не подлежащие призыву на военную службу. Освобождение от исполнения воинской обязанности
1. От призыва на военную службу освобождаются граждане:
а) признанные ограниченно годными к военной службе по состоянию здоровья;
(в ред. Федерального закона от 02.07.2013 N 170-ФЗ)
б) проходящие или прошедшие военную службу в Российской Федерации;
в) проходящие или прошедшие альтернативную гражданскую службу;
г) прошедшие военную службу в другом государстве в случаях, предусмотренных международными договорами Российской Федерации;
(пп. «г» в ред. Федерального закона от 07.06.2013 N 111-ФЗ)
д) — е) исключены. — Федеральный закон от 19.07.2001 N 102-ФЗ.
2. Право на освобождение от призыва на военную службу имеют граждане:
а) имеющие предусмотренную государственной системой научной аттестации ученую степень;
(в ред. Федеральных законов от 04.05.2006 N 61-ФЗ, от 02.07.2013 N 185-ФЗ)
б) являющиеся сыновьями (родными братьями):
военнослужащих, проходивших военную службу по призыву, погибших (умерших) в связи с исполнением ими обязанностей военной службы, и граждан, проходивших военные сборы, погибших (умерших) в связи с исполнением ими обязанностей военной службы в период прохождения военных сборов;
(в ред. Федерального закона от 06.07.2006 N 104-ФЗ)
граждан, умерших вследствие увечья (ранения, травмы, контузии) либо заболевания, полученных в связи с исполнением ими обязанностей военной службы в период прохождения военной службы по призыву, после увольнения с военной службы либо после отчисления с военных сборов или окончания военных сборов.
(в ред. Федеральных законов от 04.12.2006 N 203-ФЗ, от 06.07.2006 N 104-ФЗ)
3. Не подлежат призыву на военную службу граждане:
а) отбывающие наказание в виде обязательных работ, исправительных работ, ограничения свободы, ареста или лишения свободы;
б) имеющие неснятую или непогашенную судимость за совершение преступления;
в) в отношении которых ведется дознание либо предварительное следствие или уголовное дело в отношении которых передано в суд.
4. Граждане, признанные не годными к военной службе по состоянию здоровья, освобождаются от исполнения воинской обязанности.