Татьяна, а заключаете ли вы договоры с родителями? В тексте договоров обычно оговаривается, в какой момент ребенок может быть снят с питания (после скольких дней отсутствия). Это я к тому, что по существующим НПА (СанПиН 2.4.1.3049-13) — а я так понимаю, что это государственный детский сад, бюджетное учреждение — в целях рационального расходования бюджетных средств на организацию питания работники детского сада не имеют права держать на питании отсутствующих в группе детей.
Специалисты Роспотребнадзора в ходе проверок отслеживают соответствие количества выписанных по меню продуктов питания численности детей, присутствующих в группе, а руководитель учреждения несет административную ответственность за выявленные нарушения. В этом случае, по моему мнению, Вам всё же стоит снимать ребенка с питания и не выдавать еду в контейнере, чтобы не нарваться на неприятности с Роспотребнадзором и возможные штрафы.