Как получить выплату за поднаём жилья после увольнения в запас?

Тут немного нужно отличать два момента:

1) Во-первых, служебные жилые помещения из специализированного жилищного фонда военного ведомства, военнослужащим предоставляются на период прохождения военной службы.

То есть служебное жилье для членов семьи военнослужащих считается временным, и после ухода в отставку военный должен его освободить, получив от государства постоянную квартиру.

Поэтому если увольняетесь, служебное жильё должны сдать.

То есть тут освобождение квартиры не от получения жилищной субсидии зависит.

Если говорить конкретно по закону, то статья 103 Жилищного Кодекса РФ регламентирует процесс выселения граждан из специализированных жилых помещений: 1. В случаях расторжения или прекращения договоров найма специализированных жилых помещений граждане должны освободить жилые помещения, которые они занимали по данным договорам. В случае отказа освободить такие жилые помещения указанные граждане подлежат выселению в судебном порядке без предоставления других жилых помещений.

2. Не могут быть выселены из служебных жилых без предоставления другого: 1) члены семьи военнослужащих, погибших (умерших) или пропавших без вести при исполнении обязанностей военной службы или служебных обязанностей; 2) пенсионеры по старости; 3) инвалиды из числа военнослужащих, ставших инвалидами I или II групп вследствие ранения, контузии или увечья, полученных при исполнении обязанностей военной службы либо вследствие заболевания, связанного с исполнением обязанностей военной службы. 4) Дети-сироты и дети, оставшиеся без попечения родителей.

2) Второй момент: если вы получите жилищную субсидию и останетесь на службе, то сдать или не сдавать служебное жильё — будет зависеть от того, где по жилищной субсидии приобретаете имущество. Если приобретете жилое помещение за счет средств субсидии по месту прохождения военной службы, то в соответствии со статьёй 99 Жилищного Кодекса РФ будете должны сдать служебное жильё. Если же приобретете жилое помещение не по месту прохождения военной службы, то тогда по той же статье 99 Жилищного Кодекса РФ служебное жильё вам должны оставить.

20. Денежная компенсация выплачивается гражданам Российской Федерации, уволенным с военной службы и состоящим на учете в качестве нуждающихся в жилых помещениях (далее — граждане, уволенные с военной службы), и членам их семей, а также членам семей граждан, уволенных с военной службы, состоящих на учете в качестве нуждающихся в жилых помещениях и погибших (умерших) после увольнения с военной службы (далее — члены семей погибших (умерших) граждан, уволенных с военной службы), за счет и в пределах средств, предусмотренных Министерству обороны Российской Федерации федеральным законом о федеральном бюджете, по месту постановки граждан, уволенных с военной службы, на учет в части их пенсионного обеспечения либо на воинский учет в размерах, установленных договором найма (поднайма) жилья, но не выше размеров, определенных в порядке, установленном пунктами 2 и 2.1 постановления Правительства Российской Федерации от 31 декабря 2004 г. № 909 «О порядке выплаты денежной компенсации за наем (поднаем) жилых помещений военнослужащим — гражданам Российской Федерации, проходящим военную службу по контракту, гражданам Российской Федерации, уволенным с военной службы, и членам их семей».
21. Выплата денежной компенсации гражданам, уволенным с военной службы, и членам их семей, а также членам семей погибших (умерших) граждан, уволенных с военной службы, осуществляется в случае невозможности обеспечения их жильем в соответствии с законодательством Российской Федерации ежемесячно по их желанию через военные комиссариаты субъектов Российской Федерации на основании решений военных комиссаров:
гражданам, уволенным с военной службы, — по месту их воинского учета, лицам, уволенным с правом на пенсию от Министерства обороны Российской Федерации, — по месту их пенсионного учета;

Инструкция и формы документов — в этом приказе МО РФ:
ГАРАНТ.РУ: http://www.garant.ru/products/ipo/prime/doc/71404652/#ixzz4Y3T2C5Qn