Здравствуйте.
Если истец предъявил к вам требования о возмещении судебных расходов то вы в своем возражении укажите на их уменьшение в связи с той часть в которой ему отказано. Если вы будете требовать возмещения то опять же только на ту часть в которой истцу отказано.
«Гражданский процессуальный кодекс Российской Федерации» от 14.11.2002 N 138-ФЗ (ред. от 19.12.2016) (с изм. и доп., вступ. в силу с 01.01.2017)Статья 102. Возмещение сторонам судебных расходов
1.При отказе полностью или частично в иске лицу, обратившемуся в суд в предусмотренных законом случаях с заявлением в защиту прав, свобод и законных интересов истца, ответчику возмещаются за счет средств соответствующего бюджета понесенные им издержки, связанные с рассмотрением дела, полностью или пропорционально той части исковых требований, в удовлетворении которой истцу отказано.
2. В случае удовлетворения иска об освобождении имущества от ареста истцу возмещаются за счет средств соответствующего бюджета понесенные им судебные расходы.