Наталия, здравствуйте!
Чтобы у любых проверяющих (и налоговой, и инспекции по труду) к Вам не было вопросов, как к руководителю, в организации должна быть установлена система оплаты труда.
Для этого, создайте Положение об оплате труда в Вашей организации, в нем пропишите систему оплаты труда (если процент от проделанной работы — то либо комиссионная, либо сдельная). А далее в соответствии с ним, в трудовом договоре, пропишите конкретный размер зарплаты: тарифная ставка или оклад.
Систему оплаты труда, выбранную руководством организации, нужно зафиксировать в коллективном (трудовом) договоре или другом локальном акте (ч. 2 ст. 135 ТК РФ).
Комиссионная система оплаты труда – форма оплаты труда, при которой зарплата начисляется в виде фиксированного процента от заранее обусловленного показателя (дохода организации, объема продаж и т. п.).