Должен ли я платить налоги с продажи коммерческой недвижимости?

В соответствии с пунктом 17.1 статьи 217 Налогового кодекса Российской Федерации не подлежат обложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами:
от продажи объектов недвижимого имущества, а также долей в указанном имуществе с учетом особенностей, установленных статьей 217.1 Кодекса;
от продажи иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.

Но в соответствии с абзацем четвертым пункта 17.1 статьи 217 Кодекса

положения указанного пункта не распространяются на доходы, получаемые физическими лицами от продажи имущества, непосредственно используемого в предпринимательской деятельности.

Т.е. если Вы не регистрировали ИП, то ничего не платите, но если как Вы указали, что сдавали в аренду (т.е. систематическое извлечение прибыли) и отчитывались за это, то тут очень спорный момент, т.к. здесь признаки незаконной предпринимательской деятельности. Проверти справки НДФЛ, как указан источник дохода. Если без конкретизации, то пробуйте руководствоваться положениями ст 217 НК РФ.