Есть ли какие-либо ограничения по установлению штрафов и пени в договоре?

Стороны вправе выбирать условия договора, поэтому если вы подписали договор значит согласны с условиями, поэтому или изменяйте их по дополнительному соглашению, или растрогайте договор, или не подписывайте, а также вы вправе при заключении договора уменьшить такую неустойку.

При наличии в договоре условия о неустойке кредитор не обязан доказывать причинение ему убытков. Он получает возможность взыскать с недобросовестного должника дополнительную денежную сумму — договорную неустойку, компенсируя тем самым вызванные ненадлежащим исполнением имущественные потери.Если вы при подписании договора с неустойкой согласились, то она вполне законно будет взыскана с вас, если вы не попытаетесь аргументированно Ее уменьшить в суде

Ст.330 ГК РФ установлено, что неустойкой (штрафом, пеней) признается определенная законом или договором денежная сумма, которую должник обязан уплатить кредитору в случае неисполнения или ненадлежащего исполнения обязательства, в частности в случае просрочки исполнения.

На основании ст.333 ГК РФ если подлежащая уплате неустойка явно несоразмерна последствиям нарушения обязательства, суд вправе уменьшить неустойку.

Таким образом, размер неустойки может быть установлен сторонами по обоюдному согласованию в договоре. При взыскании в суде неустойки, по заявлению ответчика неустойка может быть уменьшена судом.

все на договорной основе, но вы можете написать протокол разногласий по данному вопросу и пока он не будет согласован, пункт будет являться спорным