Можно ли отказаться от заключения контракта по 44-ФЗ, если наша организация заняла второе место?

Добрый день. Можете, конечно, но это повлечет неблагоприятные для вас последствия.

Ст. 70 44-ФЗ:

13. Победитель электронного аукциона признается уклонившимся от заключения контракта в случае, если в сроки, предусмотренные настоящей статьей, он не направил заказчику проект контракта, подписанный лицом, имеющим право действовать от имени победителя такого аукциона, или направил протокол разногласий, предусмотренный частью 4 настоящей статьи, по истечении тринадцати дней с даты размещения в единой информационной системе протокола, указанного в части 8 статьи 69 настоящего Федерального закона, или не исполнил требования, предусмотренные статьей 37 настоящего Федерального закона (в случае снижения при проведении такого аукциона цены контракта на двадцать пять процентов и более от начальной (максимальной) цены контракта).
14. В случае, если победитель электронного аукциона признан уклонившимся от заключения контракта, заказчик вправе обратиться в суд с требованием о возмещении убытков, причиненных уклонением от заключения контракта в части, не покрытой суммой обеспечения заявки на участие в электронном аукционе, и заключить контракт с участником такого аукциона, который предложил такую же, как и победитель такого аукциона, цену контракта или предложение о цене контракта которого содержит лучшие условия по цене контракта, следующие после условий, предложенных победителем такого аукциона. В случае согласия этого участника заключить контракт этот участник признается победителем такого аукциона и проект контракта, прилагаемый к документации об аукционе, составляется заказчиком путем включения в проект контракта условий его исполнения, предложенных этим участником. Проект контракта должен быть направлен заказчиком этому участнику в срок, не превышающий десяти дней с даты признания победителя такого аукциона уклонившимся от заключения контракта.

А также УФАС может принять решение о включении вас в РНП.

Единственный вариант для вас — это заключить контракт, а затем попытаться расторгнуть его по соглашению сторон (п. 8 ст. 95 44-ФЗ).