Претензии появились у работодателя спустя два с половиной года после моего увольнения, что делать?

Работодатель имеет право обратиться в суд по спорам о возмещении работником ущерба, причиненного работодателю, в течение одного года со дня обнаружения
причиненного ущерба (ч. 2 ст. 392 ТК РФ). Таким образом, этот срок
начинает течь со дня, когда факт ущерба выявлен (обнаружен) и об этом
стало известно работодателю.

Но обратите внимания на слова когда работодатель его обнаружил. Вот к этому вопросу в суде Вам нужно быть готовым. Со своей датой когда он обязан был обнаружить

Письменно предложите работодателю решить этот спор в суде, указав, что с наличием задолженности Вы не согласны. В суде заявите о пропуске работодателем срока для обращения с претензией

Пусть обращаются в суд. Если перед увольнением Вам подписали все документы, и отпустили ничего не предъявляя к Вам то, волноваться Вам не о чем.

Обнаружить ущерб должен был не позднее 1 апреля 2015, так как это крайний срок для представления бухгалтерской отчетности за год в налоговый орган, при этом до указанной даты обязательно должны провести инвентаризацию, по факту с даты инвентаризации исчисляется срока на взыскание. Но можно также и заявить в суде что срок необходимо исчислять с даты когда вы должны были предоставить авансовый отчет. Это нужно сделать обязательно.

Тут скорее интересно, что это ущерб (срок на взыскание 1 год) или неосновательное обогащение (срок на взыскание 3 года). Суды пишут по разному, в любом случае срок на взыскание прошел. На мой взгляд это ущерб (не особо смотрел), так как усматривается вина (не представил отчет) и обязательство возникло из договора.

За полученные денежные средства на расходы, необходимые для хозяйственной деятельности предприятия, работник — подотчетное лицо должен отчитаться согласно п. 6.3. указаний «О порядке ведения кассовых операций...» от 11.03.2014 № 3210-У в течение 3 рабочих дней:
после окончания периода, на который были получены средства;
после выхода на работу, если срок истек за время его уважительного отсутствия — болезни, отпуска и т. д.
Также, в соответствии с п. 26 постановления «Об особенностях направления работников в служебные командировки» от 13.10.2008 № 749, необходимо отчитаться в бухгалтерии на протяжении 3 дней после приезда из командировки.
Срок, на который подотчетник получает необходимое ему количество денег, указывается им в его заявлении на имя руководителя. Своей подписью работодатель утверждает подотчетную сумму и срок сдачи авансового отчета.

Согласно части 2 статьи 11 Федерального закона от 6 декабря 2011 года N 402-ФЗ «О бухгалтерском учете» размер ущерба устанавливается в ходе инвентаризации путем выявления расхождений между фактическим наличием имущества и данными бухгалтерского учета.

Порядок проведения инвентаризации определяется с учетом Методических указаний по инвентаризации имущества и финансовых обязательств, утвержденных Приказом Министерства финансов Российской Федерации от 13 июня 1995 года N 49. В соответствии с пунктом 1.5 приведенных Методических указаний проведение инвентаризаций обязательно перед составлением годовой бухгалтерской отчетности, при смене материально ответственных лиц (на день приемки — передачи дел), при установлении фактов хищений или злоупотреблений.