Если есть одно свидетельство на собственность по земельному участку, а границы на него присвоены по суду, можно ли выбрать другой участок по этому же свидетельству?

Нет.

Право собственности одно, без выбора.

В случаях, предусмотренных законом, права, закрепляющие

принадлежность объекта гражданских прав определенному лицу, ограничения таких
прав и обременения имущества (права на имущество) подлежат государственной
регистрации.

Государственная регистрация прав на имущество
осуществляется уполномоченным в соответствии с законом органом на основе
принципов проверки законности оснований регистрации, публичности и
достоверности государственного реестра.

В государственном реестре должны быть указаны данные,
позволяющие определенно установить объект, на который устанавливается право,
управомоченное лицо, содержание права, основание его возникновения.