Как вернуть деньги, если организация-заемщик прекратила свое существование?

Если нет правопреемника ликвидированной организации, вернуть деньги не удастся, поскольку Вы вправе были предъявить иск к указанной организации до ее ликвидации.

Согласно

ГК РФ Статья 53.1. Ответственность лица, уполномоченного выступать от имени юридического лица, членов коллегиальных органов юридического лица и лиц, определяющих действия юридического лица

(введена Федеральным законом от 05.05.2014 N 99-ФЗ)

1. Лицо, которое в силу закона, иного правового акта или учредительного документа юридического лица уполномочено выступать от его имени (пункт 3 статьи 53), обязано возместить по требованию юридического лица, его учредителей (участников), выступающих в интересах юридического лица, убытки, причиненные по его вине юридическому лицу.
Лицо, которое в силу закона, иного правового акта или учредительного документа юридического лица уполномочено выступать от его имени, несет ответственность, если будет доказано, что при осуществлении своих прав и исполнении своих обязанностей оно действовало недобросовестно или неразумно, в том числе если его действия (бездействие) не соответствовали обычным условиям гражданского оборота или обычному предпринимательскому риску.
2. Ответственность, предусмотренную пунктом 1 настоящей статьи, несут также члены коллегиальных органов юридического лица, за исключением тех из них, кто голосовал против решения, которое повлекло причинение юридическому лицу убытков, или, действуя добросовестно, не принимал участия в голосовании.
3. Лицо, имеющее фактическую возможность определять действия юридического лица, в том числе возможность давать указания лицам, названным в пунктах 1 и 2 настоящей статьи, обязано действовать в интересах юридического лица разумно и добросовестно и несет ответственность за убытки, причиненные по его вине юридическому лицу.
4. В случае совместного причинения убытков юридическому лицу лица, указанные в пунктах 1 — 3 настоящей статьи, обязаны возместить убытки солидарно.
5. Соглашение об устранении или ограничении ответственности лиц, указанных в пунктах 1 и 2 настоящей статьи, за совершение недобросовестных действий, а в публичном обществе за совершение недобросовестных и неразумных действий (пункт 3 статьи 53) ничтожно.
Соглашение об устранении или ограничении ответственности лица, указанного в пункте 3 настоящей статьи, ничтожно.

Нет, руководство компании никакой ответственности перед Вами за этот долг не несёт — таковы реалии нашего закона. Вы можете пытаться по суду взыскать сумму долга только с самой организации.