Какова ответственность за нарушение штатной дисциплины?

Командира ждет дисциплинарная ответственность, если вам выплачивается оклад по занимаемой должности, а не по должности, обязанности по которой исполняете. 

4. Командиры (начальники) воинских частей, виновные в незаконном увольнении военнослужащего (лица гражданского персонала) с военной службы (работы), незаконном переводе лица гражданского персонала на другую работу, незаконном назначении военнослужащего (лица гражданского персонала) на должность, не предусмотренную штатом (штатным расписанием) воинской части,либо на должность, оплачиваемую выше фактически занимаемой должности, несут материальную ответственность за ущерб, причиненный излишними денежными выплатами, произведенными в результате незаконного увольнения военнослужащего (лица гражданского персонала), незаконного перевода лица гражданского персонала на другую работу, незаконного назначения военнослужащего (лица гражданского персонала) на должность, в размере причиненного ущерба, но не более трех окладов месячного денежного содержания и трех месячных надбавок за выслугу лет.

Но так, как перевода (назначения) на должность нет и вы получаете оклад по занимаемой должности, то командиру грозит только дисциплинарная ответственность. В отношении вас может быть применена только дисциплинарная ответственность и то лишь при доказанности факта, что вы вошли в сговор с командиром. Излишне выплаченные суммы в данном случае взысканию с вас не подлежат, при условии, что в ваших действиях не найдут состава преступления.