Могут ли отказать в академическом отпуске для службы в ВС РФ?

Здравствуйте, Эдуард! 

Согласно Приказа Минобрнауки России от 13.06.2013 N 455 «Об утверждении Порядка и оснований предоставления академического отпуска обучающимся» (Зарегистрировано в Минюсте России 28.06.2013 N 28912),

1. Настоящие порядок и основания устанавливают общие требования к процедуре предоставления академических отпусков лицам, обучающимся по образовательным программам среднего профессионального или высшего образования (студентам (курсантам), аспирантам (адъюнктам), ординаторам и ассистентам-стажерам) (далее — обучающиеся), а также основания предоставления указанных отпусков обучающимся.

2. Академический отпуск предоставляется обучающемуся всвязи с невозможностью освоения образовательной программы среднего профессионального или высшего образования (далее — образовательная программа) в организации, осуществляющей образовательную деятельность (далее — организация), по медицинским показаниям, семейным и иным обстоятельствам на период времени, не превышающий двух лет.
3. Академический отпуск предоставляется обучающемуся неограниченное количество раз.
4. Основанием для принятия решения о предоставлении обучающемуся академического отпуска является личное заявление обучающегося (далее — заявление), а также заключение врачебной комиссии медицинской организации (для предоставления академического отпуска по медицинским показаниям), повестка военного комиссариата, содержащая время и место отправки к месту прохождения военной службы (для предоставления академического отпуска в случае призыва на военную службу), документы, подтверждающие основание предоставления академического отпуска (при наличии).
5. Решение о предоставлении академического отпуска принимается руководителем организации или уполномоченным им должностным лицом в десятидневный срок со дня получения от обучающегося заявления и прилагаемых к нему документов (при наличии) и оформляется приказом руководителя организации или уполномоченного им должностного лица.
6. Обучающийся в период нахождения его в академическом отпуске освобождается от обязанностей, связанных с освоением им образовательной программы в организации, и не допускается к образовательному процессу до завершения академического отпуска. В случае, если обучающийся обучается в организации по договору об образовании за счет средств физического и (или) юридического лица, во время академического отпуска плата за обучение с него не взимается.
7. Академический отпуск завершается по окончании периода времени, на который он был предоставлен, либо до окончания указанного периода на основании заявления обучающегося. Обучающийся допускается к обучению по завершении академического отпуска на основании приказа руководителя организации или уполномоченного им должностного лица.

Исходя из вишеизложенного, повестка военного комиссариата является основанием для предоставления Вам академического отпуска.

Вам нужно написать заявление руководителю ВУЗа о предоставлении Вам академического отпуска с изложением всех обстоятельств, согласно которым Вам этот отпуск необходим м приложением подтверждающих документов (повестки). 

Согласно действующего законодательства, руководство ВУЗа должно предоставить Вам академический отпуск.