Нужно ли оплачивать НДС по 44-ФЗ, если наше ИП работает на УСН?

Я ИП на упрощенке 6%. В этом году выиграл аукцион по 44 ФЗ на оказание услуг по техобслуживанию кондиционеров. Начальная цена контракта (руб.): 97 216р82к. Выиграл за 29 000р.

Контракт подписал с таким пунктом

4.1. Цена за оказанные услуги составляет 29 000 (Двадцать девять тысяч) рублей 00 копеек, в том числе НДС 18% 4423,73 рубля

изначально пункт выглядел так

4.1. Цена за оказанные услуги составляет _____________ (__________________) руб. ____ коп., в том числе НДС 18%.

Заказчик сказал, что контракт он не имеет права менять, либо так либо реестр недобросовестных поставщиков для нас светит.

Обслуживание было два раза – май 2017 и август 2017. Обслуживание в мае мы выставили на 19697,76 без НДС. Они подписали акт и оплатили эту сумму и в п/п указали БЕЗ НДС.

Акт за август месяц они отказываются подписывать без НДС и просят переделать и доки за май 2017, так как они не правильно оформлены. Надо исполнить санкции по условиям контракта, чтобы избежать штрафных наказаний по 44 ФЗ! Для этого сделайте корректирующие документы за май, т.е. добавьте НДС в том числе, и к пакету документов добавится счет-фактура. В противном случае мы будем включены в реестр недобросовестных поставщиков. Ссылаются на судебную практику Определение Верховного Суда РФ от 25.08.2016 N 310-КГ16-10142 по делу N А14-14925/2015. Вообщем нам было озвучено, что сейчас по 44ФЗ заказчиков обязуют выделять НДС, а если НДС выделен – мы обязаны заключить контракт с выделенной суммой НДС и уплатить его в бюджет и еще и декларацию сдать, несмотря на то что мы на УСН. Что мне делать? Переделывать доки и сдаваться идти в ИФНС???