Добрый день!
1) Регистрация товарного знака никакого отношения к фирменному наименованию юридического лица (в ЕГРЮЛ) не имеет.
2) Товарный знак, регистрируется за определенным правообладателем (юридическое лицо или ИП) в определенных видах товаров, работ и услуг (т.н. классы МКТУ) и далеко не всегда название, которое возможно для регистрации в одном классе МКТУ может быть зарегистрировано для других видов деятельности (условный «Апельсин» Роспатент для рекламных услуг зарегистрирует, а для торговли апельсинами скорее всего нет).
3) Действительно, существует механизм (п.6. ст. 1252 ГК РФ) запрета использования фирменного наименования (названия юр.лица) сходного до степени смешения с вашим при определенных условиях. Для этого необходимы смежные виды деятельности по ОКВЭД, смежные регионы и ряд иных условий. Но могу сказать сразу, что это непростой вопрос и не всегда результат достижим.
4) Регистрация товарного знака сама по себе достижение целей по п.3 не облегчает. При этом регистрация товарного знака дает возможность защиты своего исключительного права на индивидуализацию определенных товаров, работ или услуг при непосредственном введении в гражданский оборот (предложении к продаже), что на мой взгляд имеет бОльшее значение, чем само по себе название юридического лица-конкурента.
5) По конкретике конечно рекомендую обратиться к специалисту.