Здравствуйте, Игорь.
Полагаю, что можете в КУДиР включить доходы, не подтвержденные первичными документами, если к данным доходам не применяется повышенная налоговая ставка в соответствии со ст.224 Налогового кодекса РФ. Сделайте нумерацию документа свою, а дата Вам известна должна быть, если перечисления шли безналичным способом. Если доходы пришли наличным способом, то не стоит их включать во избежание проблем за несоблюдение кассовой дисциплины.
Расхождений между КУДиР и иными видами отчетности по суммам быть не должно. Привлечет к Вам ненужные вопросы.
Расходы, не подтвержденные документально, включать в КУДиР не стоит, т.к. при проверке их не учтут и доначислят налоги.