От какой из организаций нужно получать средний заработок и все компенсации при сокращении?

Как прямо следует из ст. 178 ТК РФ, выходное пособие выплачивается всем работникам, увольняемым в связи с сокращением численности или штата, вне зависимости от их статуса (основной работник, внутренний или внешний совместитель) и факта дальнейшего трудоустройства. С двух организаций.
Другой вопрос, что 31 августа Вы уже не являлись совместителем по смыслу положений ТК РФ, поскольку у Вас отсутствовало основное место работы. Но это не основание прекращения с Вами трудовых отношений по каким то иным основаниям для второго работодателя.