Здравствуйте!
судя по всему, ФНС считает что Вы ведете предпринимательскую деятельность и соответственно зарегистрированы Вы как ИП или нет роли не играет. поэтому в данной ситуации Вам придется доказывать, что Вы предпринимательскую деятельность не осуществляете.
так же, не мало важно что за помещение Вы сдаете, но раз ФНС требует НДС, можно предположить, что нежилое, т.к. передача в пользование жилых НДС не облагается.
Статья 149. Операции, не подлежащие налогообложению (освобождаемые от налогообложения)
2. Не подлежит налогообложению (освобождается от налогообложения) реализация (а также передача, выполнение, оказание для собственных нужд) на территории Российской Федерации:
...
10) услуг по предоставлению в пользование жилых помещений в жилищном фонде всех форм собственности;