Как правильно войти в состав участников ООО, если доли не распределены более 3-х лет?

Здравствуйте, Тимур.

Доли в уставном капитале должны быть оплачены его участниками в срок, установленный договором об учреждении общества или решении о создании общества, но в пределах 4 месяцев с момента государственной регистрации общества.

Если какие-либо доли в этот срок участниками не оплачены, они переходят к обществу.

В течение года такие перешедшие к обществу доли должны быть распределены единственному участнику общества его решением как единственного участника  или предложены третьим лицам, если это не запрещено уставом общества. (ч. 2 ст. 24 Закона об ООО).

Соответственно, третьи лица оплачивают свои доли уставного капитала и таким образом становятся участниками. Чтобы они стали участниками не только фактически, но юридически, единственным участников общества должно быть принято решение на основании заявления третьих лиц о принятии их в общество и внесении вклада, о внесении в устав общества, утвержденный учредителями (участниками) общества, изменений в связи и определении номинальной стоимости и размера долей третьих лиц. (п. 2 ст. 19 Закона об ООО).

Для регистрации новых участников подаете в налоговый орган заявление по форме Р13001 — в данном случае имеются изменения, вносимые в учредительные документы (виды деятельности и состав участников общества), и за их внесение в ЕГРЮЛ уплачивается госпошлина в размере 4 000 руб.

Но, конечно, у Вас есть определенные трудности для оформления всего этого, поскольку согласно ч. 5 ст. 24 того же закона,

не распределенные или не проданные в установленный настоящей статьей срок доля или часть доли в уставном капитале общества должны быть погашены, и размер уставного капитала общества должен быть уменьшен на величину номинальной стоимости этой доли или этой части доли.

Формально в Вашей ситуации уже должно было быть произведено уменьшение уставного капитала.

В  случае выхода участника общества с ограниченной ответственностью  из общества его доля переходит к ООО с даты получения обществом заявления участника о выходе ( п. 6.1, пп. 2 п. 7 ст. 23 ФЗ  от 08.02.1998 N 14-ФЗ «Об ООО»)  .
В течение одного года со дня перехода доли или части доли в уставном капитале к обществу они должны быть по решению общего собрания участников общества распределены между всеми участниками общества пропорционально их долям в уставном капитале общества или предложены для приобретения всем либо некоторым участникам общества и (или), если это не запрещено уставом общества, третьим лицам(п. 2 ст. 24  ФЗ « Об  ООО»)  . Не распределенные или не проданные в этот срок доля или часть доли в уставном капитале общества должны быть погашены, и размер уставного капитала общества должен быть уменьшен на величину номинальной стоимости этой доли или этой части доли (п. 5 ст. 24 Закона Об ООО).
В обществе, состоящем из одного участника, решения по вопросам, относящимся к компетенции общего собрания участников общества, принимаются единственным участником общества единолично и оформляются письменно. Соответственно, именно единственный участник общества в рассматриваемой ситуации наделен правом принятия решений, связанных с распоряжением принадлежащей обществу долей в уставном капитале (ст. 39 Закона об ООО).
Чтобы принять в ООО нового участника, закон предусмотрел два возможных пути: через продажу ему доли в УК, либо путём внесения им доли в УК. Второй способ менее затратный. 
Если вы выбрали второй  способ, то  новый участник должен написать соответствующее заявление, в котором указывается размер вносимых им средств в УК, их форму (денежную или имущественную), а также размер доли, которую он желает получить в УК.
Далее заявление подписывается заявителем лично, если он является физ. лицом.
Получив такое заявление, в Вашем случае единственный участник  ООО    принимает  решение   единственного учредителя о входе участника в ООО.
Таким образом, после получения положительного решения ООО и оформления соответствующего решения следует внести изменения в устав ООО, поскольку произойдёт изменение долей участников в УК. Для этого следует пройти следующий шаг.
Срок внесения вклада указывается в решении, при этом он не может быть более 6 месяцев. Документы в налоговую общество обязано подать в течение 1 месяца с момента внесения третьим лицом дополнительного вклада.
Список необходимых документов подаваемых в налоговую инспекцию:
 заявление нового участника;
 решение учредителя;
 заверенное нотариусом заявление Р13001;
 новая редакция устава (2 экз);
 квитанция об оплате госпошлины;
 документ об оплате вклада участником.   
В случае возникновения новых вопросов, Вы можете обратиться к юристам нашей компании.