Как оформить земельный участок, находящийся в красной линии?

Добрый день. Объект недвижимости не должен выходить за пределы красных линий и соответственно не должен пересекать их. В противном случае он окажется на территории общего пользования, а в силу п. 12 ст. 85 ЗК РФ земельные участки общего пользования не подлежат передачи в собственность, Земельный участок можно попробовать получить в аренду. 
Я так пониманию, что схему планировочной организации ЗУ вы не получали перед началом строительства и не видели красных линий, расположенных на ней. В данном случае возможно обращение с заявлением в администрацию для корректировки красных линий, но процедура это довольно дорогостоящая и ее результат целиком зависит от органов муниципальной власти. Однако можно обратить внимание на следующее: документ об утверждении красных линий является нормативно-правовым актом и должен быть официально опубликован, включая картографические материалы. 
При этом, Верховный суд РФ придерживается позиции  единства судьбы земельных участков и прочно связанных с ним объектов. Это статья 1 пункт 1 подпункт 5 Земельного Кодекса. Согласно этой статье все «прочно связанные с земельным участком объекты следуют судьбе земельных участков», за исключением случаев, установленных федеральным законом.
В другой статье — 35-й того же Земельного кодекса дословно записано следующее: при переходе права собственности на здание, строение, сооружение, находящееся на чужом земельном участке, к другому лицу оно приобретает право на использование соответствующей части земельного участка, занятой зданием, и необходимым для его использования. Причем землю под домом и около пользует новый собственник на тех же условиях и в том же объеме, что и прежний собственник.
Точно такое же положение содержится и в Гражданском кодексе. Это статья 552. В ней говорится, что при продаже недвижимости, находящейся на земельном участке, не принадлежащем продавцу на праве собственности, покупатель приобретает право пользования части земельного участка на тех же условиях, что и до него имел продавец недвижимости.
ФЗ «О введении в действие Земельного кодекса». И в нем также предусмотрено, что граждане, к которым перешли права собственности на здания, объекты и сооружения, которые стоят на государственной или муниципальной земле, вправе зарегистрировать права собственности на такие участки, кроме случаев, когда земля не может предоставляться в частную собственность.
На основании выше приведенных норм, с учетом того, что право собственности на объект за вами зарегистрировано вы можете обратиться с иском в суд к администрации о заключении с вами договора аренды на длительный срок или признании права собственности на участок под недвижимым объектом. В том случае, если недвижимый объект не является самовольной постройкой и введен в эксплуатацию в соответствии с установленной законом процедурой.

Удачи Вам!