Что делать, и правомочны ли такие действия таможни? Как выйти из данной ситуации?

Для личных нужд и использование не в коммерческих целях

Сергей, я объясню почему Возникла такая ситуация.

1) Гражданин Казахстана действительно не является иностранным гражданином, но исключительно для целей таможенного оформления, декларирования товаров и т.д. Осюда, он имеет право безпрепятственно ввести любой товар для личного пользования, но при условии, что этот товар создан на территоририи Казахстана, либо ввезен на территорию Казахстана до 1 января 2010. В Вашем же случае, яхта ходит под флагом государства, не входящего в Таможенный союз. Таже самая проблема возникает и у Россиян, которые хотят временно вввести яхту, которая ходит под флагом иностранного государства. 

Таможенный кодекс Таможенного союза (ТК ТС)(приложение к Договору о Таможенном кодексе таможенного союза, принятому РешениемМежгосударственного Совета Евразийского экономического сообщества от 27 ноября 2009 г. N 17)

9) иностранное лицо - лицо, не являющееся лицом государства-члена таможенного союза;

2) Касательно того, что невозможно заключить договор между руководителем компании и самой компанией таможенники не правы. Но я полагаю, что они ссылаются на ст. 19 КТМ и отсюда, на мой взгляд неправомерно, делают вывод что договор между гражданином Кахахстана и его компанией (то есть и здесь они не считают Вас иностранцем)

Статья 19. Предоставление судна в пользование и во владение иностранному фрахтователю по бербоут-чартеру, временный перевод судна под флаг иностранного государства

1. Предоставление судна, зарегистрированного в Государственном судовом реестре, Российском международном реестре судов или реестре маломерных судов, в пользование и во владение иностранному фрахтователю по бербоут-чартеру возможно при условии, если:

3) Я могу лишь предложить выходы, которым сейчас пользуются граждане РФ, а именно использовать статью 358 ТК. То есть Ваша компания должна заключить договор бербоут  чартера с иностранным физическим лицом, государство которого не входит в Таможенный союз. Именно он как капитан войдет на судне в воды РФ. Безусловно, у такого лица должно быть легальное основание для пребывания на территории России (виза и т.д.)

Статья 358. Временный ввоз товаров для личного пользования

1. Иностранные физические лица вправе временно ввозить на таможенную территорию таможенного союза товары для личного пользования, перечень которых определен международным договором государств-членов таможенного союза, за исключением транспортных средств, с освобождением от уплаты таможенных платежей на период своего пребывания на этой территории.

В случае если временно ввозимые товары для личного пользования подлежат таможенному декларированию в письменной форме, срок временного ввоза таких товаров устанавливается таможенным органом исходя из заявления иностранного физического лица с учетом продолжительности его пребывания на таможенной территории таможенного союза.

2. Иностранные физические лица вправе временно ввозить на таможенную территорию таможенного союза транспортные средства для личного пользования, зарегистрированные на территории иностранных государств, на срок своего временного пребывания, но не более чем на один год, с освобождением от уплаты таможенных платежей.

Обращаю внимание на то, что срок пребывание будет ограничен как сроком временного пребывания иностранца, так и договором бербоут чартера. 

Переченькатегорий товаров, в отношении которых устанавливаются более продолжительные, чем установленные Таможенным кодексом Таможенного союза, предельные сроки временного ввоза(утв. решением Комиссии Таможенного союза от 20 сентября 2010 г. N 375)

Временно ввозимые морские суда, в отношении которых предоставлено полное условное освобождение от уплаты ввозных таможенных пошлин, налогов

срок действия договоров тайм — чартера или бербоут — чартера

Таможенники говорят, что бербоут чартер

1. Должен заключаться с иностранным гражданином, не членом таможенного союза - он гражданин Казахстана.

2. Капитан - гражданин Казахстана является директором и хозяином иностранной компании, которой принадлежит яхта и он не может передать сам себе яхту, как физическому лицу, в бербоут чартер

Таможенники говорят, что бербоут чартер 1. Должен заключаться с иностранным гражданином, не членом таможенного союза — он гражданин Казахстана. 2. Капитан — гражданин Казахстана является директором и хозяином иностранной компании, которой принадлежит яхта и он не может передать сам себе яхту, как физическому лицу, в бербоут чартер

Сергей

Не ясно, чем таможенники руководствуются. Договор бербоут-чартера в РФ регламентирован КТМ, но там ничего не сказано о национальной принадлежности сторон договора, как и в вышеуказанном Решении Комиссии ТС.