Не заставит ли налоговый орган произвести начисление НДС на стоимость товара, а не включать его в стоимость?

Здравствуйте, Олег. Нет такого быть не может. Налоговая не может за вас определить цену реализации на которую необходимо начислять НДС. Цену определяете вы по контракту и НДС начисляется уже на нее в соответствии с положениями ст. 154 НК РФ. 

1. Налоговая база при реализации налогоплательщиком товаров (работ, услуг), если иное не предусмотрено настоящей статьей, определяется как стоимость этих товаров (работ, услуг), исчисленная исходя из цен, определяемых в соответствии со статьей 105.3 настоящего Кодекса, с учетом акцизов (для подакцизных товаров) и без включения в них налога.

Согласно ст. 105.3 НК РФ:   

Для целей настоящего Кодекса цены, применяемые в сделках, сторонами которых являются лица, не признаваемые взаимозависимыми, а также доходы (прибыль, выручка), получаемые лицами, являющимися сторонами таких сделок, признаются рыночными.

Т.е. если вы определите по контракту, что «цена товара составляет 1000 руб. в т.ч. НДС», то значит что НДС уже входит в цену и сверху начисляться не должен.