Здравствуйте, Дмитрий! В ФЗ-53 статья 51 говорится:
п. 3. Военнослужащий, проходящий военную службу по контракту, имеет право на досрочное увольнение с военной службы:
б) по состоянию здоровья — в связи с признанием военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе (за исключением лиц, указанных в подпункте «г» пункта 1 настоящей статьи);
3. Военнослужащий, проходящий военную службу по контракту, имеет право на досрочное увольнение с военной службы:
б) по состоянию здоровья — в связи с признанием военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе (за исключением лиц, указанных в подпункте «г» пункта 1 настоящей статьи).
Т.е. вы относитесь к составу мичманов (прапорщиков) или офицеров.
Увольнение по «В» — это Ваше право. Законодатель считает, что офицер или мичман (прапорщик) может проходить военную службу.
Если на Вашей должности с категорией здоровья «В» допускается служба, то командир прав.
Следовательно, надо исполнять обязанности военной службы до исключения из списков личного состава части.
Если служба на данной должности не допускает категории «В» — то Вы обязаны сдать дела и должность, получать минимум ДД, исполнять общие обязанности военнослужащего.