Добрый день!
Законодательство не предусматривает освобождения от уплаты НДС при ввозе товаров из-за границы ни при наличии, ни при отсутствии лицензионного договора.
См. п.2 ст.346.11 НК РФ
2. Применение упрощенной системы налогообложения организациями предусматривает их освобождение от обязанности по уплате налога на прибыль организаций (за исключением налога, уплачиваемого с доходов, облагаемых по налоговым ставкам, предусмотренным пунктами 1.6, 3 и 4 статьи 284 настоящего Кодекса), налога на имущество организаций (за исключением налога, уплачиваемого в отношении объектов недвижимого имущества, налоговая база по которым определяется как их кадастровая стоимость в соответствии с настоящим Кодексом). Организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с настоящим Кодексом при ввозе товаров на территорию Российской Федерации и иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией (включая суммы налога, подлежащие уплате при завершении действия таможенной процедуры свободной таможенной зоны на территории Особой экономической зоны в Калининградской области), а также налога на добавленную стоимость, уплачиваемого в соответствии со статьей 174.1 настоящего Кодекса.
(в ред. Федеральных законов от 31.12.2002 N 191-ФЗ, от 07.07.2003 N 117-ФЗ, от 21.07.2005 N 101-ФЗ, от 17.05.2007 N 85-ФЗ, от 22.07.2008 N 155-ФЗ, от 24.07.2009 N 213-ФЗ, от 27.11.2010 N 306-ФЗ, от 02.04.2014 N 52-ФЗ, от 24.11.2014 N 376-ФЗ, от 30.03.2016 N 72-ФЗ)
(см. текст в предыдущей редакции)
Абзац утратил силу с 1 января 2010 года. — Федеральный закон от 24.07.2009 N 213-ФЗ.
(см. текст в предыдущей редакции)
Иные налоги, сборы и страховые взносы уплачиваются организациями, применяющими упрощенную систему налогообложения, в соответствии с законодательством о налогах и сборах.
(в ред. Федеральных законов от 21.07.2005 N 101-ФЗ, от 30.11.2016 N 401-ФЗ)
Однако при применении упрощенной системы налогообложения 15% (доходы-расходы), Вы сможете учесть НДС в расходах, уменьшив на его сумму налоговую базу.
При ввозе товара в РФ (если только он не подпадает под отдельные категории товаров, для которых НДС отсутствует либо снижена ставка), Вам в любом случае придется заплатить НДС. Если Вы хотите представлять иностранную компанию на территории РФ, но при этом не ввозить какую-либо продукцию, НДС платить не придется. Можете заключить лицензионный договор и, например, производить или реализовывать продукцию, произведенную/приобретенную на территории РФ от имени контрагента.
Если в вопросе речь идет о ПО, тогда согласно подп. 26 п. 2 ст. 149 НК РФ, на территории РФ разрешено льготное налогообложение передачи исключительных прав на программное обеспечение, выполненной согласно договору на отчуждение исключительных прав илилицензионному договору. То есть НДС на программное обеспечение, реализация исключительного права на которое осуществлена по договору об отчуждении, лицензионному или сублицензионному договорам, не исчисляется и не уплачивается в бюджет. Об этом отмечено и в письме Минфина РФ от 07.10.2010 № 03-07-07/66.