Командир части взыскивает через суд излишне выплаченные денежные средства

Здравствуйте, Виктор! 

Сроки давности взыскания истекли ( 3 года), кроме того: 

ГК РФ Статья 1109. Неосновательное обогащение, не подлежащее возврату 

Не подлежат возврату в качестве неосновательного обогащения:
1) имущество, переданное во исполнение обязательства до наступления срока исполнения, если обязательством не предусмотрено иное;
2) имущество, переданное во исполнение обязательства по истечении срока исковой давности;
3) заработная плата и приравненные к ней платежи, пенсии, пособия, стипендии, возмещение вреда, причиненного жизни или здоровью, алименты и иные денежные суммы, предоставленные гражданину в качестве средства к существованию, при отсутствии недобросовестности с его стороны и счетной ошибки;

Они подали иск, поскольку им нужно любое судебное решение.  

Истек срок исковой давности опасаться нечего.