Здравствуйте.
К сожалению, разрешить вашу ситуацию желаемым образом не представляется возможным. Ученический договор, как Вы совершенно верно понимаете, заключается только с организацией — как ИП Вы такой договор заключить не можете:
ТК РФ Статья 198. Ученический договор
Работодатель — юридическое лицо (организация) имеет право заключать с лицом, ищущим работу, или с работником данной организации ученический договор на получение образования без отрыва или с отрывом от работы.
Поэтому остается только трудовой договор с испытательным сроком. По такому договору нужно делать отчисления в фонды и платить НДФЛ.
Иногда в такой ситуации рекомендуют заключить договор гражданско-правового характера — например, подряда или оказания услуг. Якобы Ваш работник оказывает вам услуги, а не трудится на Вас. Но тут есть недостатки:
— закон запрещает заменять трудовой договор гражданско-правовым, за такую подмену наступает административная ответственность в виде штрафа, а сам договор переквалифицируется в трудовой со всеми необходимым доначислениями;
— по таким договорам все равно надо удерживать НДФЛ и платить взносы в фонды (кроме ФСС — но это совсем небольшая экономия). Поэтому особого смысла в нем и нет.
С учетом изложенного, полагаю, нужно заключать трудовой договор. На самом деле это не так сложно, как кажется на первый взгляд.