Есть ли возможность не оплачивать пени за ЖКХ и погасить только основной долг?

Здравствуйте, Ольга Владимировна.

Несомненно требования организации об уплате пени основаны на законе, но не факт, что их насчитали верно. Вот Вам в помощь цитата из ст. 155  Жилищного кодекса. 

14. Лица, несвоевременно и (или) не полностью внесшие плату за жилое помещение и коммунальные услуги, обязаны уплатить кредитору пени в размере одной трехсотой ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации, действующей на день фактической оплаты, от не выплаченной в срок суммы за каждый день просрочки начиная с тридцать первого дня, следующего за днем наступления установленного срока оплаты, по день фактической оплаты, произведенной в течение девяноста календарных дней со дня наступления установленного срока оплаты, либо до истечения девяноста календарных дней после дня наступления установленного срока оплаты, если в девяностодневный срок оплата не произведена. Начиная с девяносто первого дня, следующего за днем наступления установленного срока оплаты, по день фактической оплаты пени уплачиваются в размере одной стотридцатой ставки рефинансирования Центрального банка Российской Федерации, действующей на день фактической оплаты, от не выплаченной в срок суммы за каждый день просрочки. Увеличение установленных настоящей частью размеров пеней не допускается.
(часть 14 в ред. Федерального закона от 03.11.2015 N 307-ФЗ)

Если расчет пени произведен верно, то рекомендую обратиться с письменным заявлением в организацию с просьбой отменить пени. Часто организации идут навстречу.