Ольга, если в квартире есть зарегистрированные несовершеннолетние дети, независимо от того, будет их двое или трое, продажа квартиры в любом случае должна будет производиться с согласия органа опеки и попечительства (п. 4 ст. 292 ГК РФ). Орган опеки и попечительства будет проверять и оценивать, достаточно ли будет тех квартир, которые собственники намерены приобрести, для обеспечения интересов несовершеннолетних членов семьи, и здесь число несовершеннолетних будет, конечно, учитываться. Насколько это окажется критичным в Вашей конкретной ситуации, сказать заранее сложно. Можно посчитать, исходя из площади нынешней квартиры и приобретаемых квартир, не произойдёт ли ухудшение положения детей. Но какие конкретно требования будут у органа опеки, лучше проконсультироваться в нём самом.
Ошибся в предыдущем ответе. Согласия органа опеки и попечительства в Вашем случае формально не требуется. Так что сложность здесь действительно только в том, чтобы либо до заключения договора купли-продажи выписать всех детей и прописать по другому адресу, либо рассчитывать на согласие покупателя купить квартиру с зарегистрированными детьми, что маловероятно. Будет их два или три, проблема всё равно останется.