Являются ли взаимозависимыми организации, ген директор одной из которых является учредителем?

Здравствуйте! Да, являются.

Критерии взаимозависимости лиц установлены статьей 105.1 НК РФ.
Пункт 1 данной статьи устанавливает общее условие, при выполнении которого может ставиться вопрос о признании лиц взаимозависимыми для целей налогообложения: особенности отношений между ними оказывают (могут оказывать) влияние на условия и (или) результаты сделок, совершаемых ими, и (или) экономические результаты их деятельности.

Формальные критерии контроля и управления перечислены в пункте 2 статьи 105.1 НК РФ. Указанными критериями являются:
1) участие организации прямо и (или) косвенно в другой организации, и доля такого участия составляет более 25 процентов;
2) участие физического лица прямо и (или) косвенно в организации, и доля такого участия составляет более 25 процентов;
3) участие одного и того же лица прямо и (или) косвенно в организациях, и доля такого участия в каждой организации составляет более 25 процентов;
4) назначение (избрание) лицом (в том числе физическим лицом совместно с его взаимозависимыми лицами, указанными в подпункте 11 пункта 2 статьи 105.1 НК РФ) единоличного исполнительного органа этой организации или не менее 50 процентов состава коллегиального исполнительного органа или совета директоров (наблюдательного совета) этой организации;
5) назначение (избрание) по решению одного и того же лица (в том числе физического лица совместно с его взаимозависимыми лицами, указанными в подпункте 11 пункта 2 статьи 105.1 НК РФ) в организациях единоличного исполнительного органа либо не менее 50 процентов состава коллегиального исполнительного органа или совета директоров (наблюдательного совета);
6) более 50 процентов состава коллегиального исполнительного органа или совета директоров (наблюдательного совета) в организациях составляют одни и те же физические лица совместно с взаимозависимыми лицами, указанными в подпункте 11 пункта 2 статьи 105.1 НК РФ;
7) осуществление лицом полномочий единоличного исполнительного органа организации;
8) осуществление одним и тем же лицом полномочий единоличного исполнительного органа в организациях;
9) наличие доли в размере более 50 процентов прямого участия каждого предыдущего лица (организации и (или) физического лица) в каждой последующей организации;
10) подчинение одного физического лица другому физическому лицу по должностному положению;
11) наличие родственных отношений между физическим лицом и его супругом (супругой), родителями (в том числе усыновителями), детьми (в том числе усыновленными), полнородными и неполнородными братьями и сестрами, опекунами (попечителями) и подопечными.